Что ты имеешь в виду? Подробнее, плиз. Сперва так и происходит, получаются несколько *.vob-файлов, а потом в один можно переконвертировать в *.avi-формат.
Я, например, для перекодировки в *.avi-формат пользуюсь AutoGK(есть на Соларе http://solar.vip/index.php?newsid=1166548468) и не разбивается...