Установка взломаных приложений происходит так
Для iOS 4.x через Cydia ставится AppSync, и взломанное приложение просто добавляется в iTunes, откуда потом синхронизируется при подключении айфона
Из интересных приложений могу отметить:
iProtect - можно запаролить любое приложение или группу...