mysql -p -u user -h host
(попросит пароль)
use %нужная база%;
Затем запрос.
Из файла -
mysql < file.sql %нужная база% -p -u user -h host
Просит пароль, ждем окончания выполнения, вуаля.
Примечание - для локалхоста -h не обязательно, имя БД использовать без "%".