По оценкам некоторых историков, с 1918 до конца 1930-х в ходе репрессий в отношении духовенства было расстреляно либо умерло в местах лишения свободы около 42 000 священнослужителей. Схожие данные по статистике расстрелов приводит Свято-Тихоновский Богословский институт, анализируя репрессии в отношении священнослужителей на основе архивных материалов. По их данным в 1918 году было 3000 расстрелов .[82].
Реабилитация духовенства, подвергшегося красному террору была осуществлена Указом Президента РФ № 378 от 14.03.1996 «О мерах по реабилитации священнослужителей и верующих, ставших жертвами необоснованных репрессий», который осудил «многолетний террор, развязанный большевистским партийно-советским режимом в отношении священнослужителей и верующих всех конфессий» (ст.1 Указа).
В ряде публикаций, появившихся в конце 90-х, указывалось, что 1 мая 1919 года было издано секретное «Указание ВЦИК № 13666/2 Председателю ВЧК Дзержинскому Ф.Э „О борьбе с попами и религией“» за подписью Председателя СНК В. И. Ленина и Председателя ВЦИК Калинина, содержащее установки на физическое уничтожение служителей культа[83][84][85]. Однако, позднее выяснилось, что данное «Указание…» является фальшивкой, изготовленной кем-то в 90-х годах XX века.[86]
