Была похожая проблема, правда на ATA, а не на SATA. Стоял винчестер на 80 Гб на первом IDE канале мастером, а на втором иде канале стоял рв привод тоже мастером. Пол-года было все нормально, но иногда винте не детектился. Было это редко, поэтому особо внимания не обращал ... Но вот летом это начало повторяться при каждой загрузке. Долго тестил, пробовал все. Решилось все довольно интересно:
у винта есть перемычки - Drive is Master и Drive is Master, Slave Present. Стояло, естественно, на первом варианте. Но выставил все по-другому: повесил привод на 2 канал слэйвом, а на винте выставил Drive is Master, Slave Present. После этого все пришло в норму. За 2 месяца только 1 неудачная загрузка. Вывод: поэкспериментируй с перемычками и шлейфами. Возможно, решение лежит в этой области. Некоторые винты на конкретно взятых машинах работают только с определенной комбинацией установки перемычек.