Сиквел F.E.A.R. продолжает паранормальную историю о сверхествественном существе Альма, которая полна гнева против тех, кто обидел её. Это приводит к тому, что начинается разрастающийся и не поддающийся объяснению кризис, который угрожает поглотить и заменить объективную действительность воображением Альмы. На этот раз главный герой игры - Майкл Беккет, оперативник Отряда Дельта, чья команда отправлена арестовать Женевьеву Аристид приблизительно за тридцать минут до окончания оригинальной игры F.E.A.R.
В самом начале игры Беккет испытывает галлюцинацию, показывающую разрушенный город, где он видит, как рядом идёт Альма. Как только он возвращается в реальность, команда Беккета добирается до комплекса пентхаусов, где живёт Аристид. Оказывается что на комплекс напали чистильщики, посланные Советом директоров «Армахем Технолоджи». После спасения Аристид, Беккет раскрывает назначение проекта, известного как «Предвестник», в который оказываются вовлечены он сам и несколько его товарищей по команде. Аристид утверждает, что Беккет и его команда —- единственный способ остановить Альму, но прежде, чем она успевает реализовать идею, Оперативник из первой части игры F.E.A.R. взрывает реактор «саркофага». Беккет поражён взрывной волной и теряет сознание.
Когда приходит в себя, Беккет обнаруживает, что на нём проводит операцию бригада врачей под руководством Аристид и начинает видеть больше видений Альмы. Как только главный герой выздоравливает, он оказываются в больнице, расположенной глубоко под землёй вместе с остальной частью его команды. Госпиталь атакует команда зачистки «Армахем» во главе с Полковником Вейнком, и Беккет должен бороться с ней, чтобы пробиться к выходу. Во время побега, Беккет получает советы по рации от человека, который называет себя «Змеиный Кулак». Тот говорит, что Альма —- мать апокалипсиса. После ухода из больницы и противостояния с командиром отряда Вейнком, Беккет сражается с заново активированными клонами. Пока он пробивается на поверхность, против него также неоднократно пытается провести физическое насилие Альма, но в рукопашном бою терпит поражение. Это «Змеиный Кулак» объясняет как попытку «поглотить» Беккета, который после проведённой над ним операции излучает телепатический сигнал, привлекающий Альму.
Выбравшись на поверхность, Беккет встречается с теми, кто остался из его команды, так как многие из отряда были последовательно убиты Альмой. Теперь отряд состоит только из самого Беккета, старшего лейтенанта Стокс, сержантов Моралес и Киган. Команда продвигается в окрестности школы имени Уэйда, взятой под контроль силами «Армахем Технолоджи» и где скрываются «Змеиный Кулак» и Аристид. Достигнув подвала, Беккет обнаруживает, что под школой скрыт очередной исследовательский центр «Армахем Технолоджи» для проекта, известного как «Парагон». Там Беккет находит данные, что проект «Предвестник» был попыткой создать ещё больше командиров-телепатов, подобных Пакстону Феттелу. При этом Беккет и Киган были самыми многообещающими кандидатами. В то же время, проект «Парагон» предназначен, для того чтобы подготовить телепатически одарённых детей, которые будут работать на «Армахем» в будущем.
В основании исследовательского центра «Змеиный Кулак» называет себя настоящим именем Терри Хэлфорд, он представляется как исследователь, работающий на «Армахем Технолоджи», и объясняет, что единственный способ победить Альму состоит в том, чтобы отправиться на базу «Армахем», расположенную в ядерном реакторе на Стилл-Айленд. Именно там располагается телестезический усилитель. С его помощью Беккет должен победить Альму, усилив собственные телепатические способности. И только Беккет с Хэлфордом готовится вернуться на поверхность, как исследователя обезглавливает ассассин.
По дороге на Стилл-Айленд команда Беккета попадает в засаду Армии репликантов, и сержант Киган покидает отряд в состоянии, похожем на гипноз. Беккет отправляется за ним и пробует возвратить Кигана, но главного героя задерживают многочисленные силы солдатов-клонов. Отбившись от врагов и нападений Альмы, Беккет в конечном счете воссоединяется с остатком команды на Стилл-Айленд и проникает на базу «Армахем Технолоджи». Сержант Беккет входит в телестезический усилитель, и как только Стокс, готовится привести в действие механизм, её наповал застреливает Женевьева Аристид. Аристид объясняет это тем, что Беккет служил приманкой для Альмы. Вместо того, чтобы убить Альму, Аристид планирует запечатать Беккета и Альму в устройстве вместе, таким образом Аристид сможет использовать Альму как рычаг влияния на «Армахем».
Альма нападает снова, и Аристид запечатывает Беккета вместе с Альмой. Альма приближается к Беккету, и его отправляет в другую галлюцинацию, где он отбивается от раздражённого сержанта Кигана, одновременно пробуя активировать усилитель, чтобы разрушить Альму. Сражение перемежается образами Альмы, занимающейся сексом с Беккетом. Наконец, после активации последнего выключателя, Беккет взвращается в реальность, чтобы оказаться запечатанным в усилителе. Внезапно устройство открывается, и Беккет видит, что Альма стоит посреди дьявольского пейзажа. Альма беременна от Беккета. Игра заканчивается тем, что Альма приближается к Беккету, помещает его руку на свой беременный живот, и Беккет слышит ребенка, говорящего «Мама».
