Смотря где будет видео потом проигрываться. Например если на ДВД плеере, то он может не поддерживать декодирование потока данных закодированного каким-то хитрым и качественным кодеком.
Ну а если только на компьютере, то на сегодня наиболее качественными наверно будут H264/AVC и его вариации, но...