Да не нужно ничего обрабатывать, есть несколько правил по договарам бюджетных орагнизаций:
1) Отсутстиве в договоре слова "предоплата", т.к., по законодательству, бюджетная организация сначала получает, а уж потом платит, поэтому вместе со счетом бюджетной организации выдается расходная накладная, чтобы по казначейству видели что товар или услуга оказаны.
2) Если вы предоставили бюджетной организации услуги, то нужно чтобы в счете на услугу присутствовало только наименование услуги, а материалы присутствовали в акте выполненых работ.
3) Реквизиты в счете, расходной накладной, акте выполненых работ и договоре должны совпадать.
А так обычный стандартный договор, только лучше проконсультироватся с бухгалтером этой организации, и спросить как выписать все документы и что должно звучать в доках на оплату и договорах, по какому "Квед" есть у организации деньги на оплату.
Пы.Сы. У каждого казначейства и людей работающих в нем в головах свои "приколы", так что если отправять на доработку ничего страшного
Успехов!