oakim, если речь идет о загрузочном разделе, то ghost обрабатывает его целиком. Единственное, в таблице разделов нового винчестера нужно указать номер активного(загрузочного) раздела. Это делаю сразу при разбиении нового винчестера.
И пожалуйста не нужно называть эту процедуру как "страдать". Когда очень часто ставишь и настраиваешь винды по однотипной схеме, всегда хочется упростить этот процесс. Клонирую системы более пяти лет и ни на одной из машин не пришлось переставлять винду с нуля, работают стабильно, главное правильно собрать "заливку", но это уже другая тема.