Для трансценда есть своя, родная программа - называется mformat. Вот ДЦ-
You must be registered for see links
Принцип работы такой: программа может разбить флешку на две части, одну из них закрыть паролем, а может закрыть паролем всю флешку. Для установки надо скопировать программу mformat на
пустую флешку (потому что она будет форматироваться) и запустить. Дальше по подсказкам и сообщениям самой программы. Единственный минус - под Вистой эта программа не работает.
Еще можно использовать программы для создания зашифрованных файлов-"контейнеров".