Типа того, лет 5 назад игрался с таким, еще с каким-то Мандрейком (если не ошибаюсь 7-ым) + Lnx4Win (делал образ диска ext2 в файле на fat32). Душераздирающее зрелище... Только из-за возможности грузится с FAT ты получаешь в придачу кучу "костылей"...
FAT сам по себе ущербен. Ни тебе индексных дескpиптоpов (inodes), ни хаpд-/симлинков, невозможность создавать именнованные fifo, сокеты, отсутствие прав и т.п.
Не пожалей, выдели для Linux отдельный раздел и монтируй с него виндовые диски...
P.S. Есть еще umsdos. Но это тоже "не наш метод".