Не хочу показаться скептиком, но я не советовал-бы заниматься "комплексной" проверкой своего авто. Мое мнение - ремонтировать те места, где видны проблемы. Если охота найти все скрытые "жучки" и неисправности, то разбери полностью, а потом собери назад. Долго, муторно, проклянешь все на свете, но зато будешь уверен в том, что избавился практически от всех проблем.
К примеру. Сам сейчас ремонтирую 2107 и нашел на днище два места с одинаковой внешне ржавчиной. После зачистки - в одном месте появилась дыра, а во втором - ржа очистилась. Не думаю, что кто-то полезет ковырять такие места на твоей 6-ке. По двигателю/ходовой - дай проехаться другу/товарищу/знакомому, у которых есть длительный опыт вождения, ну и которому можно довериться, ессно, думаю что на серьезные проблемы они обратят внимание.
ВАЗ - машина, которая требует ласки, ухода и ремонта... шутка, конечно, но доля правды есть. После ремонта одного места вылезет что-то другое.
