у мене була така ж проблема при переході з вінди на убунту, а там кодування за замовчуванням утф-8, і мускул у нього з утф-8, а таблички віндовські, мабуть, тому і приходимо до спільного знаменника.
SET NAMES задаёт кодировку для текущего соединения. Кодировка таблиц при этом не имеет значения. А задавать для соединения нужно ту кодировку, в которой сделан сайт.