Если вы знаете размер заранее то например так:
int matrix[N][N];
for (int y = 0; y < N; y++)
for (int x = 0; x < N; x++)
f s c a n f(file, "%d", &matrix[x][y]);
А если не знаете то нечто вроде:
int x = 0, y = 0;
do {
if (f s c a n f(file, "%s", &matrix[x][y]) < 1)...