vmware-thinap создает виртуальную среду со своими переменными окружения,
врятли можно так просто реализовать это с помощью архиватора.
Зависит от разработчика создавшего программу,
чего он в нее напихал, как она обращается к файлам, где их ищет\создает…
Иногда программа при инсталляции...